Etimologic, "Babadag", nume pe care l-a primit aşezarea în evul mediu, înseamnă "muntele tatălui". Legenda atribuie întemeierea aşezării conducătorului unui grup de 10000 - 12000 turci selgiucizi, Baba-Saltîc-Dede, care a cerut împăratului bizantin Mihail al VIII-lea Paleologul dreptul de a se aşeza în imperiul. Pentru a întări apărarea graniţelor de la gurile Dunării, împăratul a aprobat stabilirea acestora pe malul lacului Razim, în anii 1262-1263.

Prima menţiune istorică a oraşului Babadag o datorăm călătorul arab Ibn Battuta care, la 1330-1331, îl descrie ca fiind ultima localitate stăpânită de tătari.

Începând cu secolul XV, după cucerire Dobrogei de către Imperiul otoman, Babadagul devine un important centru cu rol militar, economic şi administrativ. După anul 1616, la Babadag se stabileşte sediul paşalâcului de Silistra, şi devine principalul lagăr de concentrare al oştilor otomane în vederea expediţiilor orientate către Polonia şi Rusia. Desele războaie ruso-turce şi ruso-austro-turce din a doua jumătate a sec. XVIII şi începutul celui următor, în special războiul ruso-turc din 1768 - 1774, când oraşul este atacat şi distrus, duc la scăderea potenţialului economic al oraşului, acesta devenind sediu de caza în cadrul sangeacului de Tulcea.

În urma războiului din 1877-1878 oraşul este eliberat şi începe să se dezvolte în cadrul statutului român.

Cele mai importante vestigii păstrate până la noi aparţin sec. XVII-XIX p.Chr.: turnul cetăţii medievale turceşti ridicată în vremea lui Murad IV,, Geamia lui Ali-Gazi Paşa - construită la începutul sec. XVII (cel mai vechi monument de artă musulmană din România), mormântul lui Ali-Gazi Paşa, mormântul lui Sarî-Saltîk Baba (dervişul care a colonizat pe turcii selgiucizi în această zonă), Casa Panaghia - construită în sec. XIX, devenită obiectiv muzeal, cişmeaua „Yemeklik ceşmeşi" (construită în sec. XVIII de vizirul Iusuf Paşa).

Zona în care este situat oraşul păstrează însă urme de locuire din cele mai îndepărtate timpuri. La 2,5 km de oraş, pe malul lacului Babadag, în punctul „Cetăţuie", cercetările arheologice au scos la iveală o aşezare ce datează din prima epocă a fierului. Tot în această zonă s-au găsit urme de locuire getică (sec IV - III a.Chr.), romano-bizantină şi o necropolă din perioada timpurie a evului mediu ( sec IX - X).

La 5 km de oraş, tot pe malul lacului Babadag, în punctul „Topraichioi" a fost cercetată o fortificaţie romano-bizantină. Tot la nord de sat se află o necropolă tumulară; la extremitatea sudică a localităţii a fost identificată o aşezare rurală din perioada romană timpurie.